Il porto di Anafi, nella baia di Agiou Nikolaou, è il piccolo scalo marittimo dell'isola dell'Egeo sud-orientale, dove arrivano e partono i traghetti sulle tratte da e per Atene (Il Pireo), Lavrio, Santorini e le isole di Creta, Naxos, Ios, Paros, Folegandros. Il centro abitato, Chora Anafis, si trova a circa due chilometri di distanza dall'approdo. L'area limitrofa al molo viene abitata solo in estate. I collegamenti più frequenti sono quelli con l'isola di Santorini, ma molte navi fanno scalo anche nel porto del Pireo (la tratta ha una durata della percorrenza di approssimativamente dieci ore).
L'unica linea di autobus che viene garantita durante tutto l'anno ad Anafi collega il porto di Agiou Nikolaou al centro (Chora) passando per la località di Klisidi.